Il 1222 è un anno importantissimo per la città di Padova perché segna l'inizio ufficiale della storia dell'Università degli studi di Padova, nata in seguito al massiccio spostamento di scolari e professori provenienti da Bologna. 
Fino al 1399 è attiva l'Università dei giuristi (Universitas Iuristarum) in cui si studiano diritto civile, diritto canonico e teologia. A partire da questa data e sotto gli auspici di Francesco II da Carrara, viene creata l'Università degli artisti (Universitas Artistarum ) che comprende gli studi di astronomia, dialettica, filosofia, grammatica, medicina e retorica. Gli studenti sono suddivisi per provenienza geografica: la natio citramontana (studenti provenienti dall'Italia) e la natio ultramontana (altri studenti). Tra il XV e il XVIII sec. l'Università si segnala per i grandi progressi compiuti, in particolare nelle discipline medico-scientifiche, astronomiche, filosofiche e per il clima di apertura culturale garantito dalla Repubblica di Venezia, da cui l'Ateneo patavino dipende.

La presenza di Galileo Galilei a Padova, tra il 1592 e il 1610, porta grande lustro alle attività scientifiche, alle quali si aggiunge il primato di Elena Lucrezia Cornaro Piscopia , prima donna al mondo a conseguire la laurea, in Filosofia, il 25 giugno 1678. L'Università diventa punto di riferimento importante anche per la storia quotidiana della città, in occasione delle sommosse insurrezionali del febbraio 1848 e dell'unificazione italiana nel 1861 cui partecipano direttamente studenti e professori, per acquisire poi un ruolo predominante durante i conflitti mondiali.

Il rettore Concetto Marchesi nel 1943 invita pubblicamente gli studenti a lottare contro il fascismo, azione che lo costringe a fuggire in Svizzera. Per le attività di liberazione dal nazifascismo l'Università di Padova è stata l'unica in Italia ad essere insignita della medaglia d'oro al valor militare. A partire dal secondo dopoguerra, l'Università incrementa il proprio apporto allo sviluppo ed alla collaborazione con enti scientifici a livello internazionale, cui aggiunge, negli anni Novanta, una notevole espansione a livello regionale, con l'attivazione di nuove sedi distaccate che ospitano numerosi corsi di laurea. 

L'antica Università degli Studi di Padova fa parte - con Bologna, Parigi, Oxford e Cambridge - dei grandi centri culturali del mondo occidentale ove si formò e si perfezionò, con i caratteri della completezza e della continuità, la idea-struttura del Gymnasium Omnium Disciplinarum, oggi diffusa in tutto il mondo. Le origini della Università di Padova risalgono a prima del 1222 che è ritenuto l'anno di fondazione "nel senso del poter registrare una regolare e stabile organizzazione universitaria, pubblicamente riconosciuta". Contribuì in quel periodo anche un esodo di professori e studenti allontanatisi da Bologna per "le gravi offese ivi arrecate alla libertà accademica e per la inosservanza dei privilegi solennemente garantiti a docenti e discenti". Padova ha sempre posto in rilievo questo intreccio alle origini con l'Alma Mater di tutte le università (cioè quella di Bologna): lo testimoniano l'affinità di alcuni statuti e gli scambi frequenti di professori e studenti, pur nell'ambito di una secolare emulazione.  
A Padova l'Università non sorge, come altre Università, "ex privilegio",cioè per speciale licenza di pontefice o imperatore, ma come "il prodotto spontaneo di particolari contingenze e felici condizioni di civile cultura, che ne favorirono la costituzione". Sin dalla nascita ed in virtù della tutela garantita dal libero Comune nel secolo XIII, dalla Signoria dei Carraresi nel secolo XIV e dalla Repubblica di Venezia per quattro secoli (XV - XVIII), il motto che contrassegna l'Università di Padova è, a buon diritto, Universa Universis Patavina Libertas. Rapido è lo sviluppo. Agli studi giuridici e teologici, che si affermano alle origini, si aggiungono con molta vivacità altre dottrine: medicina, filosofia, astronomia, grammatica, retorica. Dal 1399 si hanno due Università: la Universitas Iuristarum, nella quale si coltivano diritto civile, diritto canonico e teologia; la Universitas Artistarum , nella quale si coltivano medicina, filosofia, grammatica, dialettica, retorica e astronomia. La riunificazione delle due università si avrà nel 1813. Inizialmente l'Università è organizzata come libera corporazione di studenti e articolata secondo criteri etnico - geografici, le nationes, che, a loro volta, fanno riferimento a due grandi gruppi: citramontani (o italiani) e ultramontani (o non italiani). Alle origini, analogamente a quanto avviene a Bologna, sono gli studenti che approvano gli statuti, eleggono i rettori all'interno del corpo studentesco e scelgono i docenti, retribuendoli con il ricavato di collette. Tra il XV e il XVI secolo la scelta dei docenti, e la relativa retribuzione, passa alla autorità pubblica.  
Dal Quattrocento, e almeno per i tre secoli successivi, si registra un periodo di grande sviluppo e splendore, favorito dalla tutela della Repubblica di Venezia che volle l'Università di Padova come suo unico Gymnasium Omnium Disciplinarum. In questo periodo si colloca il glorioso contributo del Gymnasium di Padova al nascere della rivoluzione scientifica. Vi concorsero lo sviluppo del pensiero filosofico, le grandi scuole di anatomia e medicina, e la grande avventura in astronomia, fisica e matematica riassumibile nei diciotto anni di magistero padovano di Galileo Galilei (dal 1592 al 1610). "Sia Copernico che Galileo furono in questa stessa Università in importanti periodi della loro vita; e anche prescindendo da questi grandissimi nomi, si ebbero in questa Università sviluppi tali da giustificare la concezione secondo la quale, ammesso che l'onore di essere stata la sede della rivoluzione scientifica possa appartenere di diritto ad un singolo luogo, tale onore dovrebbe essere riconosciuto a Padova". (H. Butterfield , Harvard University, 1958). Dal 1493 ai primi decenni del Cinquecento si attua il trasferimento delle varie scuole, sparse in diverse contrade della città, ad un blocco di edifici di residenza nobiliare e poi albergo con insegna la testa di un bue, "Hospitium Bovis": da qui l'appellativo in forma veneta, "il Bo" con il quale tuttora viene chiamato tanto lo storico palazzo centrale quanto l'intero Ateneo patavino.

Nell'ambito dei lavori di riadattamento del blocco di edifici alla nuova utilizzazione, che si protrassero sino agli inizi del Seicento, è ammirevole l'opera dell'architetto Andrea Moroni al quale si deve il bellissimo "cortile antico". Solo qualche nome tra gli studenti eminenti di Padova nei secoli XV-XVI: Niccolò Copernico , Francesco della Rovere (papa Sisto IV) , Giovanni Pico della Mirandola , Leon Battista Alberti , Paolo Toscanelli , Francesco Guicciardini , Pietro Bembo , Torquato Tasso , Paolo Sarpi , Bernardino Telesio , Tommaso Campanella , Roberto Bellarmino , William Harvey , Gerolamo Cardano . Tra i momenti più alti e significativi di questo periodo ricordiamo la nascita della medicina moderna, ad opera di Gian Battista Da Monte (detto Montano ) il quale, primo in Europa, insegna la clinica medica presso il letto del malato; la fondazione del primo Orto Botanico universitario e pubblico (1545); l'introduzione dell'autopsia come mezzo per accrescere le conoscenze mediche e la costruzione del primo Teatro Anatomico stabile (1594/5); le scoperte anatomiche di Andrea Vesalio , di Gabriele Falloppio , di G. Fabrici d'Acquapendente e di altri. L'Ateneo patavino si distingue anche in altri campi del sapere. Ricordiamo lo sviluppo del pensiero filosofico con Paolo Veneto , Gaetano da Thiene , Nicoletto Vernia , Piero Pomponazzi e Jacopo Zabarella con il distacco dagli schemi della filosofia scolastica . " Padova divenne nel XV secolo quello che Parigi era stata nel XIII e Oxford e Parigi insieme nel XIV: il centro nel quale le idee provenienti da tutta Europa venivano riunite in un corpo di conoscenze organizzato e completo" ( J.H.Randall , Columbia University, 1961). Ricordiamo inoltre il prestigio della giurispudenza con l'emanazione di sentenze giudicate fortemente innovative e apprezzate dai governanti di tutta Europa. Fin dall'inizio, ma soprattutto nel Cinquecento e nel Seicento, studenti da tutta Europa erano richiamati dalla fama dell'insegnamento e dal diffuso spirito di tolleranza assicurato dalla Repubblica di Venezia. In quei secoli l'Università di Padova fungeva da centro di irradiazione della cultura (vari Collegi e nuove Università furono fondati da suoi ex-studenti) e anche da fucina di idee e di legami personali che ebbero significativa influenza sulla vita europea. Episodio significativo e prezioso nella storia dell'Università di Padova è il conferimento della laurea in filosofia (1678) ad Elena Lucrezia Cornaro Piscopia , che si può a buon diritto considerare la prima donna laureata al mondo. In parte nel Seicento e con il Settecento il ruolo dell'Università di Padova si trova ridisegnato all'interno della grande rete culturale e universitaria europea, conservando la sua centralità e unicità nell'area della Repubblica di Venezia (attuale Italia del Nord-Est e area dell'Adriatico) e un prestigio attivo sostenuto da maestri eminenti inseriti nel grande circuito europeo. Ricordiamo, tra gli altri, Domenico Guglielmini , Bernardino Ramazzini , Gian Battista Morgagni , Gian Battista Poleni , Antonio Vallisneri , Giuseppe Toaldo . Nonostante il declinante potere la Repubblica interviene con la fondazione (1761) e il completamento (1777) dell'Osservatorio Astronomico e con la istituzione di nuove cattedre (Chimica, Agraria). Carlo Goldoni , Ugo Foscolo , Giuseppe Tartini e Giacomo Casanova sono tra gli studenti di Padova. Con il tramonto della Repubblica di Venezia (1797) e le successive traversie politiche fino alla unificazione della nazione italiana (1866) l'Università svolge a buon livello il suo ruolo regionale nonostante i forti condizionamenti alla libertà intellettuale e il ridotto sostegno. Da allora ad oggi il palazzo del Bo e la storia dell'Ateneo padovano sono il più grande monumento della civiltà veneziana fuori dai confini lagunari della città-stato di Venezia. 

L'Università di Padova di oggi guarda senza nostalgia al suo grande passato come ad un fatto ormai compiuto, ma anche come ispirazione per un futuro del quale vuole essere protagonista unitamente alla comunità scientifica e culturale universale. Professori e studenti padovani partecipano numerosi alle lotte risorgimentali per l'indipendenza dell'Italia, anche con sommosse insurrezionali locali (febbraio 1848). L'Università si trova coinvolta in occasione del primo conflitto mondiale (1915-1918) e Padova è la capitale della zona di operazioni. Memore del suo plurisecolare motto prima citato, l'Università diviene ancor più il centro della regione Veneto nella lotta di liberazione contro il nazifascismo (1943-45) guidata dal Rettore Concetto Marchesi e dal prorettore Egidio Meneghetti . Per il sacrificio di tante giovani vite nella lotta per la riconquista della libertà è unica tra le Università italiane ad essere decorata di medaglia d'oro al valore militare. Dal 1873 l'Università di Padova entra a far parte del sistema universitario dello Stato italiano. Per l'attività di ricerca culturale e scientifica essa occupa uno dei primissimi posti tra gli Atenei italiani di maggiore prestigio. Ricordiamo, ad esempio, i maestri dello studio matematico: Gregorio Ricci Curbastro , Giuseppe Veronese , Francesco Severi , Tullio Levi Civita . Tra la fine dell'Ottocento e la prima metà del Novecento si attua il decentramento degli Istituti scientifici in veri e propri quartieri universitari, la edificazione della nuova sede del settore letterario - filosofico in pieno centro storico monumentale (il Liviano, architetto Giò Ponti ) e quella dell'Osservatorio astrofisico nell'Altopiano di Asiago, il restauro del Palazzo centrale del Bo (1938-45). Sulla efficacia e i tempi del continuo rinnovamento e dello sviluppo hanno inciso inevitabilmente interferenze, ombre e passaggi drammatici (leggi razziali) del ventennio fascista, la devastazione della seconda guerra mondiale, l'esplosione della popolazione studentesca verso l'Università di massa e quella dei movimenti studenteschi di contestazione (1968-69) accompagnate da omissioni di intervento e sostegno da parte dei governi centrali. Tuttavia, il Gymnasium Omnium Disciplinarum ha saputo salvaguardare una preziosa continuità e, fin dai primi anni della seconda metà del Novecento, rinnovamento e sviluppo ricevono un notevole impulso: in primo luogo con una forte ripresa della apertura e dello scambio internazionale ad alto livello, specie in molte parti del settore scientifico tecnico. A partire dagli anni recenti l'Università ha potuto impostare una controllata politica di articolazione e diffusione territoriale, dilatando la sua presenza nel Veneto, per fare fronte al congestionamento. Nel 1990 prende il via il polo di Vicenza (Ingegneria gestionale); viene ripresa l'attività della sede estiva di Bressanone; nel 1995, a Legnaro(area metropolitana) è attivato Agripolis per i settori di Agraria e di Medicina Veterinaria. Altri poli decentrati sono attivi a Rovigo, Treviso, Feltre, Castelfranco Veneto, Conegliano, Chioggia e Asiago. 

La legislazione nazionale, negli ultimi anni, ha riaperto la strada per l'esercizio di una significativa autonomia di governo da parte delle università italiane. Nel 1995 l'Ateneo si è dotato di uno Statuto autonomo. La presenza attuale dell'Università di Padova nello scenario europeo e internazionale della cultura e della ricerca è documentata dalle pubblicazioni e dalle comunicazioni congressuali che fanno parte delle fonti bibliografiche aperte a tutti per conoscenza e valutazione. L'Ateneo ritiene di essere, e vuole essere sempre di più, un qualificato Ateneo di ricerca in linea con le sue origini e deciso a rinforzare legami, scambi ed emulazione con la rete mondiale degli Atenei di ricerca (Research Universities).